结算审计和结算审核在性质、目的、依据、范围、方法等方面都有所不同：

结算审计是指审计机关依法对政府投资和以政府投资为主的建设项目的工程结算 ，进行的审计监督，属行政监督。而结算审核是指发包人 或受其委托具有相应资质的工程造价机构对竣工结算进行的审核，属建设管理活动;

结算审计的目的是督促建设单位、财政部门切实履行好结算管理职责，促进结算管理中找出问题，堵塞漏洞，完善制度，规范管理；结算审核的目的是支付工程价款;

结算审计是审计机关依据《审计法》和《审计法实施例》,对工程结算进行的审计监督；结算审核的主要依据是施工合同、招标投标文件，补充协议、变更签证和现场签证，以及国家有关法律、法规和规范，有关工程造价计价标准、计价办法等。

结算审计的范围根据《审计法实施条例》第二十条“可以对直接有关的设计、施工、供货等单位取得建设项目资金的真实性、合法性进行调查”；结算审核的范围，相关的法规和规范略有不同，但大致相同，即是从招标文件开始开始至施工单位上报竣工结算这个期间范围，包括招标文件、投标文件、合同、合同调整、签证、变更等。

结算审计不仅要查错漏，更重要的是监督建设单位规范管理和揭露舞弊现象；结算审核的重点是依据合同实施过程中形成的资料，查错漏，不涉及舞弊问题。